Password Safe ermöglicht es dem Benutzer alle Passwörter in einem einzigen "Safe" (Passwortdatenbank) abzuspeichern, oder mehrere Datenbanken anzulegen für unterschiedliche Zwecke (z.B. eine für die Arbeit, eine für den persönlichen Gebrauch). Jeder Datenbank ist unabhängig, kann verschoben werden und läuft auf den verschiedensten Systemen, solange dieselbe Version von Password Safe verwendet wird. Die Datenbanken sind verschlüsselt mit einem Schlüssel der vom General-Passwort abgeleitet ist (das General-Passwort selber hingegen ist nicht in der Datenbank enthalten, in welche Form auch immer).
Wenn sie Password Safe zum ersten Mal einsetzen, drücken sie das Symbol "Neue Datenbank erstellen". Sie werden aufgefordert Name und Speicherort von der Datenbank festzulegen (standardmäßig wird "pwsafe.psafe3" vorgeschlagen). Dann müssen sie noch das General-Passwort angeben, womit der Inhalt der Datenbank verschlüsselt und "abgesperrt" wird.
Es gibt zwei Möglichkeiten eine neue Datenbank zu erstellen. Durch Klicken auf Neue Datenbank im Eingabe des General-Passwortes Dialog beim Start der Anwendung, oder mit Menü Datei->Neu wenn die Password Safe geöffnet ist. Beide Methoden rufen dann den Dialog Einstellung General-Passwort auf.