ペイン(pane)とは、何かを表示する領域のことを指しています。2ペイン、3ペインとは、1つのウインドウが2つ、または3つの領域に区切られていることを意味しています。
3ペイン表示は、1つのウインドウでスレッド一覧、スレッドの内容、掲示板リストを一覧できます。
2ペイン表示では、スレッドの内容を別のウインドウで開くことになります。このメリットは同時にいくつものスレッドの内容を表示させておくことができる点です。
BathyScaphe をインストールした直後は3ペイン表示の状態になっています。2ペインと3ペインのどちらを使うかは完全に個人の好みの問題ですから、迷っている場合は両方のモードを試してみることをおすすめします。
2ペインと3ペインを切り替える方法については、ブラウザの配置を変更するをお読みください。