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ファイルの改名とディレクトリ間の移動はうまくできないので、 新しいプロジェクトを始めるときには、 最初にファイルの構成をよく考えておく必要があります。 ファイルの改名や移動は、 不可能ではありませんが非常にやっかいです。 特にディレクトリの改名に関して、 cvs は癖のある動作をします (see Moving files)。
次に何をするかは、始める状況に依ります。