ファイルシステムにマウントしているディレクトリや JAR ファイルは、変更する予定はないがクラスパスに必要であるというような場合は、非表示にすると便利です。
ファイルシステムのノードで右クリックして「プロパティ」を選択し、「非表示」プロパティを「True」に設定します。